جشنوارهي آموزشي شهيد مطهري به منظور تجليل و تكريم اساتيد عرصه آموزش پزشكي و براي شناسايي و معرفي فرايندهاي آموزشي مطلوب كشوري، دانشگاهي و همچنين نوآوري، ابداع و معرفي فرايندهاي جديد به منظور ارتقاء آموزش پزشكي در هفته بزرگداشت مقام معلم به صورت سالانه برگزار مي گردد و تا كنون چهارده دوره جشنواره آموزشي شهيد مطهري در سطح دانشگاه و كشور برگزار شده است. پس از اعلام فراخوان در تير و مهرماه هر سال به روساي محترم دانشكده ها و همچنين اطلاع رساني به اعضاي محترم هيات علمي دانشگاه از طريق ارسال پيامك و رايانامه فرآيندهاي آموزشي از سوي اعضاي محترم هيات علمي و دانشكده ها جهت شركت در رقابت به دبيرخانه اين جشنواره در مركز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشكي دانشگاه ارسال مي گردد.
اين جشنواره در شش حيطه برگزار مي شود.
الف-تدوين و بازنگري برنامه هاي آموزشي
ب- ياددهي و يادگيري
پ- ارزشيابي آموزشي (دانشجو، هيات علمي و برنامه)
ت- مديريت آموزشي و رهبري آموزشي
ث- يادگيري الكترونيكي
ج- طراحي و توليد محصولات آموزشي
فرايندها پس از وصول به دبيرخانه در جلسات كميته داوري بررسي شده و فرايندهاي برتر دانشگاهي در كميته علمي جشنواره متشكل از اعضاي حقيقي و حقوقي مورد بررسي و راي گيري قرار مي گيرد و از ميان فرايندهاي ارسال شده در نهايت فرايندهاي مطلوب دانشگاهي انتخاب و از آن ميان فرايندهاي برجسته كه قابليت شركت در جشنواره كشوري را دارا مي باشند براي رقابت در جشنواره كشوري شهيد مطهري به وزارت بهداشت درمان و آموزش پزشكي فرستاده مي شود.